在周恩来做博古工作的同时，1935年2月5日晚，在“鸡鸣三省村”中央常委讨论分工时，决定由张闻天取代博古，担任中共中央总书记，在党内负总的责任，并决定“以泽东同志为恩来同志的军事指挥上的帮助者”。3月4日，中革军委朱德、周恩来、王稼祥决定“于此次战役特设前敌司令部，委托朱德为前敌司令员，毛泽东为前敌政治委员。”5日，朱德、毛泽东在前线鸭溪发布了作战命令。这是从1932年宁都会议取消了毛泽东在红军中的一切职务后，第一次以明确的军内职务签署作战命令。这表明，毛泽东取得了对红军的公开的直接领导权、指挥权。3月12日，中共中央鉴于军情瞬息万变，会多误事，根据毛泽东的提议，决定成立“三人团”，由周恩来、毛泽东、王稼祥组成，以周恩来为团长，全权指挥战事。[详细]

对于张闻天担任中共中央总书记一事，一直以来都流行一种说法，说当时很多人中共中央多数领导人一致推举毛泽东出任总书记，但毛泽东出于各种考虑“力推举由张闻天来接替博古在中央‘负总责’”。这种说法多次在周恩来、伍修权和杨尚昆等人的回忆中被提及。[详细]

但这种说法其实不怎么可信，因为毛泽东此前并非中共中央领导核心，此时也只是刚刚成为政治局常委，说众人都推举他担任“总书记”，不但不合逻辑，也不符合当时中共的组织程序。对此，杨奎松分析说：“种种情况说明，不仅张闻天，而且政治局多数领导人，都注意到排序问题。毕竟，从莫斯科那里开始，共产党历来就是注重排序的。而这时依国内政治局委员的排序，张闻天毫无疑问是紧接着博古之后的第二号人物。想必毛泽东对此也有清醒的认识。他之所以在准备遵义会议时积极支持由张闻天来作会议的‘反报告’，清楚地反映出他这时对由张闻天来接替博古的必然性是很清楚的。”[详细]

多数领导人一致推举毛泽东出任总书记这一说法之所以不可信，从遵义会议之后他的地位和威信并不是很高也可以得知。

直到1935年8月周恩来病倒，毛泽东才开始“负责军事工作”

应该说，遵义会议后很长一段时间，毛泽东只是进入了中共中央和红军的最高决策层，但并没有确立其在军队在党内的领导地位。虽然长征中军事方面的决策经常采用毛的意见，但更大程度上是因为在中共中央中懂军事并能根据时局提出相对有效的军事建议的只有毛泽东，因此其见解常被周恩来采用并被中共中央审核批准，这并不能作为其在红军中确立领导地位的象征。

直到1935年8月周恩来病重，8月19日中共中央政治局常委会议决定“由毛泽东负责军事工作”，毛泽东才掌管了最高军事领导权，军事决策由“周主毛辅”转变为“毛主周辅”，毛泽东在军内的领导地位才得以确立。[详细]

至于毛泽东成为在党内的最高领导人，那更是几年之后的事了。